Johann Deisenhofer (geb. 1943 in Zusamaltheim, Landkreis Dillingen an der Donau) ist ein deutscher Biophysiker.

1988 erhielt er gemeinsam mit Robert Huber und Hartmut Michel den Nobelpreis für Chemie für die röntgenstrukturanalytische Aufklärung der dreidimensionalen Struktur des photosynthetischen Reaktionszentrums von Purpurbakterien (Rhodopseudomonas viridis).

Nach Forschungstätigkeit am Max-Planck-Institut für Biochemie erhielt er 1988 eine Berufung als Professor an das Howard Hughes Medial Institute der University of Texas in Dallas, USA.
 

 
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